1868年（明治元） に、新政府は蝦夷地に箱館裁判所を置くことを決め、直ぐにその名を箱館府と改めた。但し、戊辰戦争のひとつ函館戦争（一時、「蝦夷共和国」成立）が起こり、すぐには蝦夷地は新政府の下に統一されなかった。榎本武揚総裁の五稜郭の降伏後、蝦夷地は1869年（明治2年）に北海道と改称され、11国が置かれた。同年7月館藩（松前藩）領以外を管轄する開拓使が設けられてから北海道の開拓は本格化した（屯田兵）。1870年（明治3年）、根室国の花咲郡、根室郡、野付郡が東京府に編入されたが、同年末に廃止。明治4年（1871年）7月14日 廃藩置県に伴い館藩の旧領（爾志郡・檜山郡・津軽郡・福島郡）に館県設置。同年9月 館県は道外の弘前県などと合併、弘前県（青森県）の一部となり消滅。明治5年（1872年）10月　福島郡など四郡（旧館県）が青森県から開拓使に移管。これにより北海道全域が開拓史の所管となる。開拓使は1882年（明治15年）に廃止され、代わりに函館県、札幌県、根室県の3県が設けられたが、その行政効率の悪さから1886年（明治19年）には再び統一行政機関として北海道庁が置かれた。明治政府の政策により多くの人が移住し、道内各地に開拓の波が押し寄せた。もっとも、和人の「開拓」はアイヌにとっては土地収奪と強制移住を伴うものであり、「日本による侵略」であったとする見方もある（本多勝一など）。また、鉄道や国道が建設されたが、網走刑務所に代表されるように、懲役刑の一環として行われた面もある。石炭が産出されることから、数多くの炭鉱が開発され、輸送するための鉄道が縦横に張り巡らされた。

• 北海道11国86郡（1869年設置）