5月9日には個人情報の保護と取引の安全性向上の理由により、電子メールを用いることなく出品者と落札者間の連絡を行う「取引ナビ」機能を追加<ref>出品者と落札者、メアド知らせずやりとり　ヤフオクに新機能 - ITmedia</ref><ref>取引ナビリリースのお知らせ（2007年5月9日） - Yahoo! JAPAN</ref>。その後しばらくは取引ナビと従来のメールアドレス表示が共存する状態となったが、メールアドレスの表示は同年7月4日に終了し、以降は取引ナビに一本化された<ref>メールアドレス表示終了のお知らせ（2007年7月4日） - Yahoo! JAPAN</ref>。従来は、オークション終了後の取引の連絡を電子メールで行うシステムであったため、見ず知らずの相手にメールアドレスを公開することが強制されていたが、取引ナビへの移行はこの問題を解決するものであった。しかし、投稿回数に制限がある、一定期間経過後はメッセージを見ることができなくなる、添付ファイルを添えられないなどの問題点も多い。

10周年記念企画の無料キャンペーン終了後（2007年8月7日16時）、Yahoo! JAPANはオークション利用条件を変更した。無料キャンペーン時の条件をほぼ踏襲しているものの、プレミアム会員登録をしていないユーザーについては、入札の上限額が一律5,000円未満までという新しい条件が付け加えられた。5,000円以上の入札については、プレミアム会員登録をしているユーザー、Yahoo! BBユーザー、Ezwebのモバイルオークション会員に限り認められる特権となった（これら以外であってもソフトバンクモバイル端末からアクセスした場合には可能となるが、不動産や自動車の車体などの特定カテゴリへの入札はできない）。なお、出品についてはプレミアム会員登録をしているユーザーのみが行える<ref>ご利用条件が変更になりました（2007年8月7日） Yahoo!オークション</ref>。

12月4日、eBayがYahoo!オークションとの提携を発表。2008年3月までに海外のeBay出品物を落札、またeBayに対し出品が可能になる予定。

Yahoo!オークションでは常にオークション詐欺が大きな問題となっており、2005年までは本人確認、有料化、システム利用料の導入等にもかかわらず、被害は悪化の一途をたどった。しかし、2007年には最悪だった2005年に比べ被害額が1割程度に減少したとされる<ref>オークション詐欺が激減　一方でID売買横行も ITmedia News、2008年1月7日</ref>。